Türk bilim insanlarından oluşan bir ekip, nadir görülen genetik hastalık Tatton-Brown-Rahman sendromunun tedavisini ortaya çıkarmak amacıyla “MareNostrum 5” süper bilgisayarını kullanma fırsatını memnuniyetle karşılıyor.
Türkiye’nin de 2019 yılından bu yana üyesi olduğu Avrupa Yüksek Performanslı Hesaplama Ortak Girişimi (EuroHPC) kapsamında kurulan, İspanya’nın Barselona kentindeki süper bilgisayar, yeni bilimsel atılımlara olanak sağlayacak yeteneklere sahip bir cihaz olarak öne çıkıyor.
Dünyada sekizinci sırada yer alan bu teknoloji, yapay zeka, iklim değişikliği, yenilenebilir enerji ve sağlık bilimleri başta olmak üzere birçok alanda bilim insanlarına ve endüstriye hizmet ediyor.
MareNostrum 5, 380 bin dizüstü bilgisayarın işlem kapasitesine sahip olup, ortalama bir bilgisayarın 46 yılda tamamlayacağı bir görevi bir saatte tamamlayabiliyor.
İzmir Biyomedikal ve Genom Merkezi’nde laboratuvarı bulunan İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Biyofizik Bölümü’nden Dr. Öğretim Üyesi Seyit Kale liderliğindeki araştırma ekibinde yer alan doktora öğrencisi Serhan Turunç ve Araştırma Görevlisi Hatice Döşeme, genetik çalışmalarında MareNostrum5’e erişen ilk Türk araştırmacılar olarak yer alıyor.
Türk bilim insanları, bir yıl boyunca sistemin muazzam işlem gücünden yararlanarak nadir görülen genetik hastalıkların teşhis ve tedavisi için daha etkili stratejiler geliştirmeyi hedefliyor.
Kazandıkları hesaplama zamanı sayesinde araştırmacılar, bu çalışmaları haritalamak ve yeni epigenetik mekanizmaları ortaya çıkarmak için kapsamlı analizler ve simülasyonlar gerçekleştirebilecekler.
Serhan Turunç, AA muhabirine yaptığı açıklamada, söz konusu çalışmada, büyüme kusurları, zihinsel engellilik, otizm ve erken yaşlanmaya neden olan nadir bir hastalık olan Tatton-Brown-Rahman sendromu üzerinde genetik araştırma geliştirmek amacıyla bilgisayar kullanılacağını söyledi.
Yaklaşık iki yıldır proje üzerinde çalıştıklarını ve böyle bir sonuca ulaşmaktan mutluluk duyduklarını belirten Turunç, “Bilgisayar ortamında hesaplamalı yöntemler kullanarak biyolojik moleküllerin hücre içinde nasıl davrandığını belirliyoruz. Araştırmamızda hastalığa neden olan mutasyonu taşıyan protein ile mutasyonu taşımayan proteinin dinamiklerini inceliyoruz. Bu çalışma sonucunda çeşitli deneylerle farklılıklardan kaynaklanan ilişkileri yorumlayıp aslında moleküler düzeyde genetik hastalıklar için bir tanı oluşturuyoruz ve bu şekilde tedavi için tedavi yöntemlerini yönlendiriyoruz. Bu çalışmanın önemli unsuru kişiselleştirilmiş bir yaklaşım olması.”
“Bugün klinikte hasta semptomlarını inceleyerek tanıya ulaşmaya çalışıyoruz ancak hastanın mutasyonunu moleküler düzeyde incelemek hastalığı daha iyi sınıflandırma potansiyeline sahip. Gelecekte hesaplamalı kaynakların gelişmesiyle, bu yöntemleri kullanarak her hastaya özgü moleküler düzeyde tanı ve buna özel terapötik ilaçlar geliştirilebileceğini öngörüyoruz. Teknoloji bu noktaya doğru evrilecek ve bizim çalışmamız bunun öncüsü,” diye ekledi.
Moleküler bir ‘resim’
Her hastalığın moleküler bir açıklamasının olduğunu belirten Kale, söz konusu çalışmanın bu anlamda çok önemli olduğunu söyledi.
Araştırmaya katkıda bulunan yetkililere, özellikle de ekibindeki uzmanlara teşekkür eden Kale, “Her seferinde her hasta için deney yapmak mümkün değil, ancak duruma bağlı olarak her hasta için simülasyonlar yapmak mümkün. İşte misyonumuz burada başlıyor. Moleküler bir resim sunuyoruz.” dedi.
Döşeme ayrıca, benzersiz bilgisayara erişim sağlamanın gururunu yaşadıklarını ifade ederek, şunları kaydetti:
Türk bilim insanlarından oluşan bir ekip, nadir görülen genetik hastalık Tatton-Brown-Rahman sendromunun tedavisini ortaya çıkarmak amacıyla “MareNostrum 5” süper bilgisayarını kullanma fırsatını memnuniyetle karşılıyor.
Türkiye’nin de 2019 yılından bu yana üyesi olduğu Avrupa Yüksek Performanslı Hesaplama Ortak Girişimi (EuroHPC) kapsamında kurulan, İspanya’nın Barselona kentindeki süper bilgisayar, yeni bilimsel atılımlara olanak sağlayacak yeteneklere sahip bir cihaz olarak öne çıkıyor.
Dünyada sekizinci sırada yer alan bu teknoloji, yapay zeka, iklim değişikliği, yenilenebilir enerji ve sağlık bilimleri başta olmak üzere birçok alanda bilim insanlarına ve endüstriye hizmet ediyor.
MareNostrum 5, 380 bin dizüstü bilgisayarın işlem kapasitesine sahip olup, ortalama bir bilgisayarın 46 yılda tamamlayacağı bir görevi bir saatte tamamlayabiliyor.
İzmir Biyomedikal ve Genom Merkezi’nde laboratuvarı bulunan İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Biyofizik Bölümü’nden Dr. Öğretim Üyesi Seyit Kale liderliğindeki araştırma ekibinde yer alan doktora öğrencisi Serhan Turunç ve Araştırma Görevlisi Hatice Döşeme, genetik çalışmalarında MareNostrum5’e erişen ilk Türk araştırmacılar olarak yer alıyor.
Türk bilim insanları, bir yıl boyunca sistemin muazzam işlem gücünden yararlanarak nadir görülen genetik hastalıkların teşhis ve tedavisi için daha etkili stratejiler geliştirmeyi hedefliyor.
Kazandıkları hesaplama zamanı sayesinde araştırmacılar, bu çalışmaları haritalamak ve yeni epigenetik mekanizmaları ortaya çıkarmak için kapsamlı analizler ve simülasyonlar gerçekleştirebilecekler.
Serhan Turunç, AA muhabirine yaptığı açıklamada, söz konusu çalışmada, büyüme kusurları, zihinsel engellilik, otizm ve erken yaşlanmaya neden olan nadir bir hastalık olan Tatton-Brown-Rahman sendromu üzerinde genetik araştırma geliştirmek amacıyla bilgisayar kullanılacağını söyledi.
Yaklaşık iki yıldır proje üzerinde çalıştıklarını ve böyle bir sonuca ulaşmaktan mutluluk duyduklarını belirten Turunç, “Bilgisayar ortamında hesaplamalı yöntemler kullanarak biyolojik moleküllerin hücre içinde nasıl davrandığını belirliyoruz. Araştırmamızda hastalığa neden olan mutasyonu taşıyan protein ile mutasyonu taşımayan proteinin dinamiklerini inceliyoruz. Bu çalışma sonucunda çeşitli deneylerle farklılıklardan kaynaklanan ilişkileri yorumlayıp aslında moleküler düzeyde genetik hastalıklar için bir tanı oluşturuyoruz ve bu şekilde tedavi için tedavi yöntemlerini yönlendiriyoruz. Bu çalışmanın önemli unsuru kişiselleştirilmiş bir yaklaşım olması.”
“Bugün klinikte hasta semptomlarını inceleyerek tanıya ulaşmaya çalışıyoruz ancak hastanın mutasyonunu moleküler düzeyde incelemek hastalığı daha iyi sınıflandırma potansiyeline sahip. Gelecekte hesaplamalı kaynakların gelişmesiyle, bu yöntemleri kullanarak her hastaya özgü moleküler düzeyde tanı ve buna özel terapötik ilaçlar geliştirilebileceğini öngörüyoruz. Teknoloji bu noktaya doğru evrilecek ve bizim çalışmamız bunun öncüsü,” diye ekledi.
Moleküler bir ‘resim’
Her hastalığın moleküler bir açıklamasının olduğunu belirten Kale, söz konusu çalışmanın bu anlamda çok önemli olduğunu söyledi.
Araştırmaya katkıda bulunan yetkililere, özellikle de ekibindeki uzmanlara teşekkür eden Kale, “Her seferinde her hasta için deney yapmak mümkün değil, ancak duruma bağlı olarak her hasta için simülasyonlar yapmak mümkün. İşte misyonumuz burada başlıyor. Moleküler bir resim sunuyoruz.” dedi.
Döşeme ayrıca, benzersiz bilgisayara erişim sağlamanın gururunu yaşadıklarını ifade ederek, şunları kaydetti:
